I sintomi classici sono la diarrea, il gonfiore intestinale e i dolori addominali. I sintomi atipici sono dolori articolari, stanchezza cronica e depressione.
La celiachia si può associare ad altre situazioni cliniche di natura autoimmune. Quelle che risultano più comunemente associate ad essa sono: il diabete di tipo 1 e la tiroidite.

Il glutine è un complesso proteico presente in alcuni cereali frumento, orzo, segale, farro, spelta, kamut, triticale, avena e in tutti i prodotti derivati, quali: farina, amido, semolino, pasta (fresca, secca, con o senza ripieno), prodotti da forno dolci o salati (pane, grissini, crackers, fette biscottate, pancarrè, focacce, pizza, biscotti, torte, ecc) e ancora crusca, malto d’orzo, muesli, e fiocchi di miscele di cereali.
Tra i cereali e i vegetali privi di glutine invece ci sono: riso, mais, patate, legumi (fagioli, lenticchie, piselli), grano saraceno, castagne, miglio, sesamo, soia, sorgo, quinoa e amaranto.

Nel bambino l’intolleranza si manifesta solitamente a distanza di circa qualche mese dell’introduzione di glutine nella dieta, con un quadro clinico caratterizzato da diarrea, vomito, anoressia, irritabilità, arresto della crescita o calo ponderale. Nelle forme che esordiscono tardivamente dopo il secondo – terzo anno di vita la sintomatologia gastroenterica è per lo più sfumata e in genere prevalgono altri sintomi, quali deficit dell’accrescimento staturale e/o ponderale, ritardo dello sviluppo puberale, dolori addominali ricorrenti e anemia sideropenica che non risponde alla somministrazione di ferro per via orale.
Alcuni esami di laboratorio possono rafforzare il sospetto diagnostico di celiachia, ma solo la documentazione di anomalie ( atrofia parziale o totale dei villi) della mucosa enterica, prelevata mediante una biopsia, può consentire la diagnosi.

La celiachia può colpire a qualsiasi età, ma spesso per gli adulti non viene presa in considerazione.
Le manifestazioni cliniche sono varie: alcuni soggetti presentano un quadro classico di malassorbimento con diarrea, perdita di peso e carenze nutritive multiple; altri riferiscono uno o più sintomi cronici spesso estranei all’apparato digerente. Sono comuni disturbi quali crampi, debolezza muscolare, formicolii, emorragie, gonfiore alle caviglie, dolori ossei, facilità alle fratture, alterazioni cutanee, afte, disturbi psichici. Molto frequente è l’anemia da carenza di ferro. 
Esistono anche soggetti che non lamentano sintomi o nei quali i disturbi sono talmente modesti da non richiedere l’intervento del medico; vengono diagnosticati solo perché nell’ambito familiare c’ è una persona affetta da celiachia. Non raramente alla celiachia sono associate malattie quali diabete, artrite reumatoide, epatite cronica attiva, alterazioni della tiroide e dermatite erpetiforme. Anche nell’adulto la diagnosi si basa sulla biopsia intestinale.

Una volta formulata la diagnosi, la dieta senza glutine deve essere condotta con molto rigore, perché l’assunzione, anche in piccole quantità, può mantenere le lesioni della mucosa. L’unica terapia conosciuta al momento per la celiachia, è un'alimentazione rigorosamente priva di glutine da seguire per tutta la vita, poiché consente la completa normalizzazione della mucosa intestinale, con “ricrescita” dei vili ad altezza normale e scomparsa dei sintomi eventualmente presenti. Importanti e qualche volta irreversibili le malattie determinate da una diagnosi tardiva: osteoporosi, infertilità, aborti ripetuti, bassa statura nei ragazzi, epilessia con calcificazioni e il temutissimo linfoma intestinale.